基因数据分析

GEO生信数据挖掘（五）提取临床信息构建分组，分组数据可视化（绘制层次聚类图，绘制PCA图）

检索到目标数据集后，开始数据挖掘，本文以阿尔兹海默症数据集GSE1297为例上节做了很多的基因数据清洗（离群值处理、低表达基因、归一化、log2处理）操作，本节介绍构建临床分组信息。我们已经学习了提取表达矩阵的临床…

GEO生信数据挖掘（一）数据集下载和初步观察

检索到目标数据集后，开始数据挖掘，本文以阿尔兹海默症数据集GSE1297为例目录 GEOquery 简介安装并加载GEOquery包 getGEO函数获取数据（联网下载） 更换下载数据源对数据集进行初步观察处理 GEOquery 简介 GEOquery是一个…

GEO生信数据挖掘（四）数据清洗（离群值处理、低表达基因、归一化、log2处理）

检索到目标数据集后，开始数据挖掘，本文以阿尔兹海默症数据集GSE1297为例目录离群值处理删除低表达基因函数归一化，矫正差异数据标准化—log2处理完整代码上节围绕着探针ID和基因名称做了一些清洗工作，还做了重复值检查…

GEO生信数据挖掘（三）芯片探针ID与基因名映射处理

检索到目标数据集后，开始数据挖掘，本文以阿尔兹海默症数据集GSE1297为例目录处理一个探针对应多个基因 1.删除该行 2.保留分割符号前面的第一个基因处理多个探针对应一个基因详细代码案例一删除法详细代码案例二多个基因名时保留第一个基因名…

Sentieon | 每周文献-Long Read Sequencing（长读长测序）-第七期

长读测序系列文章-1 标题（英文）： PrecisionFDA Truth Challenge V2: Calling variants from short and long reads in difficult-to-map regions标题（中文）： PrecisionFDA真相挑战第二版：利用短…

GEO生信数据挖掘（十一）STRING数据库PPI蛋白互作网络 Cytoscape个性化绘图【SCI 指日可待】

GEO生信数据挖掘（十）肺结核数据-差异分析-WGCNA分析（900行代码整理注释更新版本） 通过前面十篇文章的学习，我们应该已经可以获取到一个”心仪的基因列表“了，相较于原始基因数量，这个列表的数…

GEO生信数据挖掘（六）实践案例——四分类结核病基因数据预处理分析

前面五节，我们使用阿尔兹海默症数据做了一个数据预处理案例，包括如下内容： GEO生信数据挖掘（一）数据集下载和初步观察 GEO生信数据挖掘（二）下载基因芯片平台文件及注释 GEO生信数据挖掘&…

GEO生信数据挖掘（九）WGCNA分析

第六节，我们使用结核病基因数据，做了一个数据预处理的实操案例。例子中结核类型，包括结核，潜隐进展，对照和潜隐，四个类别。第七节延续上个数据，进行了差异分析。第八节对差异基因进行富集分析。…

GEO生信数据挖掘（二）下载基因芯片平台文件及注释

检索到目标数据集后，开始数据挖掘，本文以阿尔兹海默症数据集GSE1297为例目录下载平台文件 1.AnnotGPL参数改为TRUE,联网下载芯片平台的soft文件。（国内网速奇慢经常中断） 2.手工去GEO官网下载转换芯片探针ID为gene name 拓…

GEO生信数据挖掘（八）富集分析（GO 、KEGG、 GSEA 打包带走）

第六节，我们使用结核病基因数据，做了一个数据预处理的实操案例。例子中结核类型，包括结核，潜隐进展，对照和潜隐，四个类别。第七节延续上个数据，进行了差异分析。本节对差异基因进行富集分析。 …

Sentieon | 每周文献-Liquid Biopsy-第十期

液体活检系列文章-1 标题（英文）： Copy number profiling of circulating free DNA predicts transarterial chemoembolization response in advanced hepatocellular carcinoma标题（中文）： 循环游离 DNA 的…

GEO生信数据挖掘（七）差异基因分析

上节，我们使用结核病基因数据，做了一个数据预处理的实操案例。例子中结核类型，包括结核，潜隐进展，对照和潜隐，四个类别。本节延续上个数据，进行了差异分析。差异分析计算差异指标step12 加载…

GEO生信数据挖掘（九）肺结核数据-差异分析-WGCNA分析（900行代码整理注释更新版本）

第六节，我们使用结核病基因数据，做了一个数据预处理的实操案例。例子中结核类型，包括结核，潜隐进展，对照和潜隐，四个类别。第七节延续上个数据，进行了差异分析。第八节对差异基因进行富集分析。…

Sentieon | 每周文献-Liquid Biopsy（液体活检）-第十期

液体活检系列文章-1 标题（英文）： Copy number profiling of circulating free DNA predicts transarterial chemoembolization response in advanced hepatocellular carcinoma标题（中文）： 循环游离 DNA 的…